以问题为导向的改革方案设计必须找准问题。要改革经办机构，首先必须了解现行经办机构有哪些体制机制性缺陷，这样才能有的放矢，对症下药。研究表明，经办机构存在的体制机制性缺陷主要有：
至2013年末，全国社会保险经办机构有8363个(不含失业保险、新农合)。按行政层级分，省级机构65个，地市级机构992个，县级机构7306个。按经办项目分，养老保险机构(含多险合一)3466个，机关事业养老保险机构883个，新农保机构1510个，医疗保险机构(含医疗、工伤、生育合一)2161个，工伤保险机构343个。在全国8363个机构中，县区举办的占87.4%。用社保法统筹区设立经办机构的原则衡量，与省级或地市级统筹层次已不相适应。平均一个机构19.11人，县级平均为15.95人。机构太小，又彼此独立，分散经营，不利于“三化”建设。 社保费征收是维系社会保险制度运行的头等大事，但由于税务社保两家征收造成责任不清，难以问责。即使在由税务征收的17个省内，也并非五险统征，广大灵活就业人员、城乡居民等自愿参保缴费的人群往往仍然由社保机构在征收。此外，税务和社保经办机构之间在缴费对象分工、缴费基数申报核定等具体环节上也存在职能不清和互相推诿的现象。按险种人群设置的社保机构同样存在职能交叉事权重叠。如参保登记、基数核定、缴费申报、个人权益记录、稽核等共性业务，一个统筹区内多个机构参与，重复经办，提高了成本，增大了工作量。参保单位和个人办理业务，需找几个机构才能办完。由于多头管理，漏报、重复参保和冒领待遇难以发现，造成行政资源浪费，也不利于服务质量和服务效率的提升。 主管部门越位处理事务，行政化思维替代专业化管理。责任不清，体现在无论是中央、地方和地方各级政府之间，还是政府各部门之间、经办机构之间，均不同程度地存在责任不清。根源主要是缺乏法律规范，但也有为照顾现实而设置的条文本身不公正的原因。如社保法对经办机构授权就不如征收机构完整充分。同样在处理征缴执法业务时，征收机构与经办机构的处理程序不同。由于对经办机构授权不充分，导致经办机构对行政决策机构高度依赖。此外，行政决策机构往往以加强管理为由，将特殊问题普遍化，主动介入事务处理。 受编制和属地财政财力的双重制约，经办服务能力适应性差，人员和经费无法与事务同步增长。虽然从宏观平均值上看，全国人均经办人次己高达1∶9800，但从微观上看，人力资源浪费现象不是个例，考察某些服务大厅不难发现，经办方式陈旧，前台忙闲不均，后台缺少管理监督支持，信息系统优化有很大空间，但受分散化体制制约和激励约束机制不健全拖累，提升能力与绩效的动因不足。
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